2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内

距今超过六千年的远古世界，天地割裂的凄惨战争持续不断，毫无还手之力的人类被拥有强大力量的各个种族逼入绝境，濒临灭亡。此时率领人类的年轻领袖里克，与机凯种少女休比偶然相遇。被同伴抛弃的休比，为了修复故障，拜托里克把“人类的心”告诉自己。机凯种少女的单纯与真诚，使得里克对休比逐渐放下戒备、敞开心扉，二人感情亦日渐升温。最终

《鲁邦三世》首度以3 制成的电影版作品，那个大名鼎鼎的亚森?鲁邦唯一失手的秘宝「布列松日志」，传说若能解开日志之谜，就会获得庞大的财宝。瞄准了这个目标的鲁邦，邂逅热爱考古学的少女蕾蒂西亚，两人决定合力解开谜团。然而，企图得到布列松日志的秘密组织研究人员?兰贝尔，以及操控组织的神秘男子?杰洛特却阻挡住两人的去路……。