巴特（ 饰）拥有一个非常完美的生活：他有一位漂亮的妻子，可爱的孩子，一份前途光明的工作，生活于纽约的上流社会。然而，就在他的妻子和儿子外出度假的时候，家里却来了不速之客。一个晚上，巴特正呆在家中工作，这是一个将会给自己带来升迁的重要计划，他专著于工作中，却完全不知自家地下室里的一位“住客”还有另外

在枪案频发的芝加哥，保罗原本是一个温文儒雅仁心妙手的医生，拥有一个幸福美满的家庭。一场突如其来的厄运让他的妻女惨遭暴徒欺凌，女儿昏迷不醒，爱妻更因此丧失生命，与他天人永隔。然而，城市里连串的凶案让警方束手无策，种种原因使得保罗的案件无法结案，本应受到制裁的凶徒逍遥法外。　　在崩溃和绝望中，保罗的人生价值观彻底改变。为了

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进